Parmi les manuscrits modernes conservés à la médiathèque Jacques-Chirac de Troyes, quelque 200 documents sont accessibles en ligne, rédigés ou copiés entre le 16e siècle et le 20e siècle. Ils témoignent de l’histoire religieuse, civile et littéraire de Troyes.
Le fonds de manuscrits jansénistes, composé de presque 90 pièces, est le plus important. Mouvement religieux, philosophique et politique s’opposant à certaines évolutions de l'Église catholique et à l'absolutisme de Louis XIV, le jansénisme défend un certain rigorisme spirituel, prônant la doctrine de saint Augustin sur la grâce ; la pensée janséniste imprègne de nombreux écrits et d’abondantes correspondances sont laissées par des partisans. Poursuivis par l’Église catholique les jugeant hérétiques, certains d’entre eux ont trouvé refuge à l’Oratoire de Troyes aux 17e et 18e siècles.
Les archives de la Franc-maçonnerie de Troyes forment un autre ensemble d’une douzaine de pièces. Fondée en 1751, la première loge maçonnique troyenne est l’une des plus anciennes de France.
Des fonds d’archives privées contiennent aussi plusieurs pièces exceptionnelles, comme la généalogie de la famille Hennequin, dont le chanoine Jacques du même nom est à l’origine de la première bibliothèque publique de Troyes, en 1651. On recense également 10 catalogues d’anciennes bibliothèques auboises, dont celle des Bouhier et de la congrégation de la Mission de Troyes.
Notable également un ensemble de 116 lettres adressées à Pierre Pithou, humaniste troyen du 16e siècle ; de même, 7 pièces d’archives issues du fonds Georges Hérelle. Professeur de philosophie et traducteur, Georges Hérelle (1848 - 1935) laisse une œuvre conséquente, tout particulièrement des traductions de Gabriele D’Annunzio, ainsi que des écrits sur l’homosexualité, sur lesquels travaillent de nombreux historiens.